يتم تعيين الراهب القس ثاؤفيلس المحرقي وكيلًا للكلية الإكليريكية فرع دير السيدة العذراء (المحرق)، ويقوم بالإشراف الروحي والتعليمي والإداري للدارسين، تحت رعاية أسقف ورئيس الدير، وعلى ابن الطاعة تحل البركة.