أسس د. فوزى إسطفانوس مؤسسة القديس مرقس لدراسات التاريخ القبطي عام 1998م، ولقد حظيت المؤسسة برعاية مثلث الرحمات قداسة البابا شنوده الثالث، ثم برعاية قداسة البابا الأنبا تواضروس الثاني.

هدف المؤسسة: بحث ودراسة وتجميع وتوثيق ونشر كل ما يختص بالدراسات القبطية من فن وأدب ولغة وعمارة وتاريخ وآثار...، وتقديم العون والدعم العلمي للباحثين في مجال القبطيات، مع مساعدة صغار الباحثين في ذلك المجال.

إنجازات المؤسسة: عقد 8 مؤتمرات دولية تندرج تحت سلسلة «المسيحية والرهبنة فى إيبارشيات مصر»:

1– المؤتمر الدولى الأول: افتتحه واستضافه قداسة البابا الأنبا شنوده الثالث بالمقر البابوي بدير الأنبا بيشوي – وادي النطرون في الفترة من 31 يناير إلى 5 فبراير 2002م. 2– المؤتمر الدولى الثاني: استضافه نيافة الأنبا أبرآم – أسقف الفيوم وتوابعها، بدير العزب بالفيوم فى الفترة من 6 إلى 10 فبراير 2004م. 3– المؤتمر الدولي الثالث: استضافه نيافة الأنبا يوأنس الأسقف العام وقتها (أسقف أسيوط حاليًا)، بدير الأنبا شنوده بسوهاج في الفترة من 1 إلى 6 فبراير 2006م. 4– المؤتمر الدولي الرابع: استضافه نيافة الأنبا بيمن أسقف نقاده وقوص بدير رئيس الملائكة ميخائيل بنقادة فى الفترة من 6 إلى 11 فبراير 2008م. 5– المؤتمر الدولي الخامس: استضافه نيافة الأنبا هدرا مطران أسوان والنوبة بدير الأنبا هدرا بأسوان في الفترة من 31 يناير إلى 4 فبراير 2010م. 6– المؤتمر الدولى السادس: افتتحه قداسة البابا الأنبا تواضروس الثاني واستضافه المتنيح نيافة الأنبا ساويرس بالدير المحرق فيى الفترة من 4-8 فبراير 2013م. 7– المؤتمر الدولى السابع: افتتحه قداسة البابا الأنبا تواضروس الثاني واستضافه نيافة الأنبا كيرلس أسقف ورئيس دير مار مينا بمريوط فى الفترة من 8-12 فبراير 2015م. 8- المؤتمر الدولي الثامن: افتتحه واستضافه قداسة البابا بالمقر البابوي (لوجوس) بدير الأنبا بيشوي – وادي النطرون في الفترة من 12-16 فبراير 2017م.

• نشر 7 كتب تمثل سلسلة المسيحية والرهبنة وتضم المحاضرات المقدمة في تلك المؤتمرات الدولية وقامت الجامعة الأمريكية بنشرها.

• تصوير 35 موقعًا في إطار مشروع توثيق وتصوير الأديرة والكنائس، مع طرح بعض تلك الكتب في صورة الكترونية على موقع المؤسسة. • طباعة 7 كتب باللغة العربية وتشمل:

+ إعادة طبع ونشر كتاب تاريخ الأمة القبطية عام 2000.

+ إعداد وطباعة ونشر كتاب «تراث الأدب القبطي» عام 2003.

+ إعداد وطباعة ونشر سلسلة كتب «المسيحية والرهبنة في إيبارشيات مصر»  (خمسة كتب).

• طباعة ونشر سيرة القديس مرقس الرسول بالغة الإنجليزية تحت اسم A CHRONOLOGY OF SAINT MARK عام 2002.

• طباعـــــــة «الموسوعة القبطيــــــــة» على CDs (اقـــــــراص ممغنطة) 2002.

• تنظيم وعقد المؤتمر الدولي للقبطيات بالكاتدرائية المرقسية بالقاهرة بالتعاون مع معهد الدراسات القبطية وأسقفية الخدمات الاجتماعية عام 2008.

• عقد مؤتمر «مار مرقس في التراث القبطي» عام 2015 بمسرح الكاتدرائية المرقسية بالعباسية.

• بدء أعمال ترجمة الموسوعة القبطية بتكليف من قداسة البابا الأنبا تواضروس الثاني 2015.

• تنظيم وعقد الملتقى الأول لشباب الباحثين بالتعاون مع معهد الدراسات القبطية عام 2016.

• عقد 3 ورش عمل خلال النصف الأخير من عام 2017.

• نشر كتاب New Testament Scenes in Coptic Monasteries عام 2016.

• إعداد وطباعة كتاب «مار مرقس – كاروز الديار المصرية» عام 2017.

مساهمات المؤسسة: 1 – منح مثلث الرحمات قداسة البابا شنوده الثالث مكتبة الإسكندرية عدد 760 ألف صفحة من المخطوطات القبطية وذلك عام 2003.

2 – التعاون في نشر المجلة الدورية (Coptica).

3 – التعاون في نشر كتاب Two Thousand Years of Coptic Christianity عام 1999.

4 – التعاون في نشر كتاب Coptic Civilization عام 2014.

الخطوات المستقبلية: 1) استمرار ترجمة الموسوعة القبطية، مع الترتيب لوضع أجزاء منها على الإنترنت عام 2018.

2) استمرار طباعة ونشر: كتاب المسيحية والرهبنة في أسيوط (2018). و كتاب الملتقى الأول لشباب الباحثين (2018). وكتاب

 Eve and the Harlot of Babylon: Women in Late Antique Egypt through Coptic Artefacts (2018).

وكتاب المؤتمر الدولي الثامن والذي عُقد بدير الأنبا بيشوي.

3) سلسلة جديدة من المؤتمرات: + الملتقى الثاني لشباب الباحثين 2018. + المؤتمر الدولي التاسع عن الأدب القبطي 2019. + المؤتمر الدولي العاشر عن الفن القبطي 2021. + المؤتمر الدولي الحادي عشر عن العمارة القبطية 2023. + المؤتمر الدولي الثاني عشر عن دراسة المواد الأثرية 2025.

4) تأسيس المكتبة الإلكترونية (جمع وتصنيف المخطوطات) بتكليف من قداسة البابا الأنبا تواضروس الثانى 2017.