هناك نقاط تشابه ونقاط اختلاف بين يوحنا المعمدان وجماعة قمران، هناك احتمال أن يوحنا كان لفترة ما عضوًا في هذه الجماعة، فمثلًا كل من يوحنا وجماعة قمران يتحدث عن خدمته كصوت صارخ في البرية أعدوا طريق الرب (إش40: 3). ففي مخطوطات قمران: إنهم سينفصلون عن الأشرار ويخرجون إلى البرية ليعدوا طريقه، كما هو مكتوب في البرية أعدوا طريق الرب... اصنعوا سبيلًا مستقيمة في البرية طريقًا للرب. هذا هو طريق الناموس الذي أمر به الرب على يد موسى... وهكذا أعلن الأنبياء بالروح القدس (1QS 8: 12b-16a; Cf. 1QS 9-20)  

هذا يوضّح أن جماعة قمران تري في نفسها إتمامًا لنبوة إشعياء تمامًا مثل يوحنا المعمدان الذي قال عن نفسه إنه الصوت الصارخ في البرية (مر1: 1-2).

جماعة قمران كانت تعتبر أعضاءها ممثلين لنور الله أو حسب تعبيرهم أولاد النور، وهذا جاء في مخطوطاتهم: الهجوم الأول لأبناء النور سيكون ضد قوات أبناء الظلمة، جيش بليعال... لن يبقى لأبناء الظلمة أحياء... وفي الوقت المحدد من الله، سيشرق مجده العظيم إلى الأبد للسلام والبركة، للمجد والفرح، وللحياة الأبدية لكل أبناء النور (1QM).

أما إنجيل يوحنا فذكر عن يوحنا المعمدان أنه جاء ليشهد للنور الحقيقي يسوع ابن الله، ومفهوم البنوة لله هنا واضحة لليهود حسب مخطوطات قمران: سيُدعى عظيمًا... اسمه ابن الله، ويُدعى أيضا ابن العلي... ملكوته أبدي... سيدين الأرض بالحق وسيصنع سلامًا (4Q246).

والقديس كيرلس الكبير يشرح الفارق بين يوحنا المعمدان والسيد المسيح قائلًا: "فضّل المعمدان أن يعيش في البرية بعيدًا عن ترف المدن، وأعلن عن عزمٍ ثابتٍ في ممارسة الفضيلة، وارتقى إلى قمة البرّ الذي يمكن أن يصل إليه إنسان، مما جعل البعض يندهش من أسلوب حياته، بل أن البعض تخيّلوا أنه هو المسيح... تخيّل البعض أنه هو النور نفسه. ولكن قيل عن يوحنا المعمدان: «أقمته سراجًا لمسيحي» (35:5). مع أنه يُقال عن القديسين إنهم نور... لكننا لا نجهل النعمة التي نالوها من "النور". لأن النور في السراج، وليس من السراج، ولا نور القديسين هو من القديسين، بل باستنارة الحق صاروا «نورًا في العالم، متمسكين بكلمة الحياة» (في2: 15-16)".