دائمًا ما كان البابا شنوده يصف طقوس الكنيسة بـ"التخم القديمة التي لا يجب نقلها"، وكان لا يرضى أبدًا بتغيير أي طقوس مستلمة من الآباء السابقين، وذلك لكي يحافظ على تقاليد الكنيسة، وكان حريصًا أن تُدرَّس مادة اللاهوت الطقسي في الكلية الإكليركية، كما أنشأ لجنة للحفاظ علي الطقوس بالمجمع المقدس. وفي عظاته كان يشير إلي البعد الرمزي لطقوس الليتورجيا في الكنيسة، وإبداء ملاحظاته الهامة، كملاحظاته في الأيقونة القبطية، من حيث الشخصيات وتكويناتها الفنية. وملاحظاته في آداب الدخول للكنيسة واحترام بيت الرب. وأحاديثه عن نشأة الليتورجيا وما طرأ عليها من إضافات عبر العصور. واهتم بالألحان القبطية والحفاظ عليها من خلال تسجيلها وتدريسها في معهد الدراسات والكلية الإكليركية ومعهد ديديموس، وتشجيع أبناء الكنيسة علي حفظها، وتناولها داخل مهرجان الكرازة والمهرجانات الخاصة في الكنائس، كما شجّع كورالات الألحان واللغة القبطية. وكان البابا يعطي اهتمامًا أكبر بطقوس عيدي الميلاد والقيامة والطقوس الخاصة بأسبوع الآلام، وكثيرًا ما تكلم عن طقوس أيام الخماسين. وكثيرًا ما كان يتكلم في معايير الترنيم الكنسي السليم، من حيث سلامة الكلمة واللحن. وتحدث عن مفهوم وضع اليد والبركة والبخور والنور في الكنيسة.